- Prof. Povilas MATULIONIS
Pirmasis universiteto rektorius (1924-1928)
- Prof. Juozas TONKŪNAS
Universiteto rektorius (1928-1934)
- Prof. Vincas VILKAITIS
Universiteto rektorius (1934-1940)
- Akad. Jonas KRIŠČIŪNAS
Universiteto rektorius (1940-1941-1944-1945)
- Prof. Balys VITKUS
Universiteto rektorius (1941-1944)
- Prof. Antanas KONDROTAS
Universiteto rektorius (laikinai ėjęs rektoriaus pareigas: 1941 06 11 – 1941 10 19 ir 1944 07 11 – 1944 08 14)
- Doc. Matas MICKIS
Universiteto rektorius (1945-1953)
- Doc. Juozas TATORIS
Universiteto rektorius (1953-1957)
- Prof. Jonas BULAVAS
Universiteto rektorius (1957-1962)
- Doc. Zigmas URBONAS
Universiteto rektorius (1962-1975)
- Prof. Jonas DROMANTAS
Universiteto rektorius (1975-1989)
- Prof. Rimantas URBONAS
Universiteto rektorius (1989-1994)
- Prof. habil. dr. Albinas KUSTA
Universiteto rektorius (1994-2004)
- Prof. habil. dr. Romualdas DELTUVAS
Universiteto rektorius (2004 – 2011)
- Prof. dr. Antanas MAZILIAUSKAS
Universiteto rektorius (2011-2018)
